Il 25 ottobre 2007 l'Assemblea degli Azionisti della Cotral Spa ha approvato all'unanimità il progetto di scissione della Compagnia, finalizzato alla separazione delle attività relative all'erogazione del servizio di trasporto pubblico da quelle di gestione dei beni patrimoniali strumentali al servizio stesso, inclusa la flotta autobus.
Il 3 marzo 2008 è stato perfezionato il progetto di scissione attraverso il deposito dell'atto di scissione e la costituzione della Cotral Patrimonio Spa, società beneficiaria.
L'operazione si configura come una scissione parziale proporzionale di Cotral Spa che prevede il mantenimento di tutte le attività relative all'erogazione del servizio di TPL in capo a Cotral Spa e il trasferimento, in via principale, a Cotral Patrimonio Spa del patrimonio immobiliare e degli autobus, da mettere a disposizione dei gestori dei servizi di trasporto pubblico locale extraurbano svolti nella Regione Lazio, e delle attività di gestione e sviluppo del patrimonio stesso.